吴三桂反叛清朝后，一路高歌猛进，但没过多久，战场形势便出现转折。清军经过短暂的防御后，很快恢复了常态，在西北和东南方向转入进攻。
康熙十五年六月，王辅臣归顺清廷，西北的叛军顷刻间土崩瓦解，四川叛军也被清军打得节节败退，逐渐溃不成军；第二年十月，耿精忠被迫投降清军，福建平定，郑经的势力也被逐出大陆，盘踞浙江、江西的叛军亦分崩离析。东南地区，尽归清廷所占。
在解决西北和东南叛乱后，朝廷从全局重新部署，对吴三桂集团展开战略包围：从东西两线夹攻湖南，向两粤进军，切断吴三桂的后路。同时，在湖南战场调兵遣将，准备发动总攻。为了实现这个战略，就必须先解决两粤问题。
广东方面，得益于尚之信的配合，清军进展顺利。尚之信表面上投降吴三桂，实际上隔山观虎斗，并未出动兵马协助。吴三桂对其不信任，派遣亲信任广东巡抚，以监视他。耿精忠投降后，尚之信看出吴三桂大势已去，就派人携带密信，去简亲王喇布军前“乞降”。康熙得知后，对尚之信“深为侧悯”，许诺不计前嫌。
由于尚之信投降清军，广东文武纷纷投诚。原任总督并与尚之信一起叛乱的金光祖，“决意归正”；被吴三桂任命为广东巡抚的冯甦，与尚之信“协谋归正”，受到朝廷嘉奖……所以，清军在广东境内几乎没有遇到抵抗，就顺利平定叛乱，康熙对此甚为满意：
“尚之信素怀忠尽，思报效国家，朕已知之，举广东全省归诚，民免汤火之患，深为可嘉——《清圣祖实录》”
清军进粤，尚之信降清，严重威胁吴三桂，他的后路随时有被切断的危险，时刻将处于腹背受敌的境地。为了巩固后方，吴三桂派出七员大将，带领三万余人开进湖南与广东交界的宜章，企图分兵进攻乐昌、南安，进而夺取韶关，控制交通要道。韶关居五岭之脊，是扼制赣粤的咽喉，为战略要地。吴三桂大将马宝、胡国柱率兵数万，向韶关发起进攻。清军统帅“安南将军”舒恕紧急求援，康熙得报，指示尚之信与镇南将军莽依图等速率大军支援。
莽依图接到命令后，不敢怠慢，从广州率清军翻山越岭，急至韶关，两广总督金光祖也派兵两千增援。双方苦战三个月，势均力敌。正在危机时刻，清朝江宁将军额楚率援军赶到，吴军落荒而逃。韶关一战，驱逐了吴三桂的势力，广东全省的形势进一步稳定。于是，康熙将目光转向广西，他命令额楚驻守韶关，莽依图率所部兵马会同广西巡抚傅弘烈平定广西，命尚之信出兵助战。
由于尚之信迟迟没有发兵，也没有为莽依图等部准备粮草军需，导致原定的尚之信、莽依图与傅弘烈会师的计划未能实现。傅弘烈便独自率军展开军事行动，先后攻克广西重镇梧州、桂平等地。
吴三桂见广东已被清军牢牢占据，便“悉其骁锐，俱向广西”。他于康熙十六年十一月至衡州，派遣马宝取道宜章，进入广西富川，派其孙子吴世琮至桂林，诱杀孙延龄，占领了桂林。吴三桂的意图，主要在于巩固湖南后方，此为守住湖南战略的一部分。
清军将领认为，“平定广西，扫荡云贵，关系紧要”，因此主动迎敌。此时，傅弘烈部驻守梧州，奉命与莾依图联合攻打平乐、桂林；尚之信、额楚、都统勒贝等进攻宜章、郴州，从后面夹击，使吴军腹背受敌，难以兼顾。康熙十六年十二月，傅弘烈从梧州出发，莾依图从封川进攻，两路大军会师于贺县，进取平乐。吴三桂得知清军攻打广西，立刻增兵，全力固守广西。
清军人少，呼吁支援。康熙调遣驻守韶关额楚、勒贝等赴广西，令尚之信接济清军。但尚之信出发没多久，就请示康熙，以“海贼来犯”，兵力有限为理由，撤回广州。
康熙十七年初，莾依图、傅弘烈将平乐城围住。吴世琮率军五千，分水陆驰援平乐，与绿营兵在桂江边展开交战。清军寡不敌众，被吴军击败。
当时江水大涨，莾依图所率八旗兵不能渡江，眼看绿营兵溃败。吴军又占据河道，清军又粮饷不济，只好撤退。康熙接到败报后，再次下令尚之信出兵，并要求他准备军用物质，火速前往广西支援。尚之信以粤西初定，人心不稳为理由，想留守广州，以应对意外之变。康熙同意他不必亲自前往广西，但要派兵支援。
正当康熙调兵支援广西时，吴军凭借平乐之胜，大举反攻，把清军收复的浔州等地再次夺回。到了三月，清军在广西仅存梧州一地，由进攻转为防御。清军的连连失利，除了双方实力悬殊，还因尚之信不愿出兵，莾依图观望不前。吴军得势，广西形势出现反复。
吴军继续追击清军，渡左江，逼近梧州地区。傅弘烈孤军奋战，先后在梧州附近的贺县、藤县迎战，但接连失利。吴军以水陆三路大军进攻梧州。尚之信率军支援，会同莾依图、傅弘烈，在梧州城下三路出击，大败吴军。清军趁胜进军，直取桂林，吴军转而围攻南宁。南宁原为叛军马雄所占，他去世后，其子马承荫投降清军，依旧驻守南宁。吴世琮围攻南宁数月，眼看就要得手，但莾依图等人及时救援，避免南宁陷落。吴世琮与清军援军展开大战，莾依图以额楚为前锋，他自己带主力部队包抄敌军后路。莾依图指挥得当，加上满汉军队奋力作战，终于将广西境内的吴军彻底打垮，吴世琮负伤出逃。南宁解围，广西全境收复。
在很短的时间内，清军便收复“两广”，从战略上实现对吴三桂的外线包围，即从浙江、福建、广东、广西对吴三桂形成半圆形的包围圈，而西北、四川的平定又与南部诸省形成南北夹击的形势，为之后从内线进攻湖南奠定基础。